Работа с базой данных InterPro

Опиcание документа InterPro

Был произведен поиск данных о белке CUER_ECOLI по БД InterPro. Было найдено 2 записи, из них выбрана c ID IPR000551, т.к. она содержит наибольшее количество подписей (5).

Характеристики документа:

идентификатор документа (ID): IPR000551
полное название: Bacterial regulatory protein
общее количество белков, в которых обнаружены соответствующие мотивы: 2067

Данная подпись (IPR000551) находится в родстве с другими подписями.

Опиcание всех подписей в белке CUER_ECOLI, собранных в БД InterPro

Было найдено полное описание всех известных подписей в аминокислотной последовательности белка CUER_ECOLI и создан графический файл с изображением всех мотивов в последовательности ( просмотреть страницу ):

По результатам задания была заполнена таблица:

Название подписи Положение в последовательности CUER_ECOLI Полное название базы данных Название организации, поддерживающей данную БД Город и страна

MerR 2-39 PFam

Sanger institute
Washington University
Karolinska Institutet
Institut National de la Recherche Agronomique
Korean Institute of Science and Technology Information

Великобритания, Кэмбридж.
США, Сент-Луис.
Швеция, Стокгольм.
Франция, Париж.
Южная Корея, Сеул.

HTHMERR 2-13, 13-26, 37-57 PRINTS Manchester University США, Манчестер

HTH_MERR_1 4-26 Prosite pattern Swiss Institute of Bioinformatics Швейцария, Женева

HTH_MERR_2 1-69 Prosite profile Swiss Institute of Bioinformatics Швейцария, Женева

HTH_MERR 1-70 SMART

Putativ_DNA_bind 1-110 SuperFamily
MRC Laboratory of Molecular Biology
European Bioinformatics Institute
Stanford University

Великобритания, Кэмбридж и Хинкстон.
Стенфорд, США.

CueR 1-127 TIGRFAMs The Institute for Genomic Research США

Название подписи	Положение в последовательности CUER_ECOLI	Полное название базы данных	Название организации, поддерживающей данную БД	Город и страна
MerR	2-39	PFam	Sanger institute Washington University Karolinska Institutet Institut National de la Recherche Agronomique Korean Institute of Science and Technology Information	Великобритания, Кэмбридж. США, Сент-Луис. Швеция, Стокгольм. Франция, Париж. Южная Корея, Сеул.
HTHMERR	2-13, 13-26, 37-57	PRINTS	Manchester University	США, Манчестер
HTH_MERR_1	4-26	Prosite pattern	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
HTH_MERR_2	1-69	Prosite profile	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
HTH_MERR	1-70	SMART
Putativ_DNA_bind	1-110	SuperFamily	MRC Laboratory of Molecular Biology European Bioinformatics Institute Stanford University	Великобритания, Кэмбридж и Хинкстон. Стенфорд, США.
CueR	1-127	TIGRFAMs	The Institute for Genomic Research	США